En el marco de las fiestas patronales, el viernes 18 de septiembre de 1919 el normalista mayor Rafael Antonio Amaya fundó el colegio Santo Tomás de Villanueva.
El 7 de marzo de 1920 en una casa ubicada en la calle de Las Piedra inició labores el alma máter con siete estudiantes: Silvestre L. Dangond (primer matriculado), Luis M. Amaya, Próspero Baleta, Leandro Cabello López, Vicente Lafaurie, José A. Martínez, Miguel P. Socarrás.
Como institución educativa estuvo funcionando ochenta años (1999). En buena parte de su trayectoria ofreció el ciclo básico incluido el primero de bachillerato con la opción del “internado” para los que venían fuera de Villanueva. En los últimos años de vida académica ofertó los seis grados de bachillerato. Por sus aulas pasaron por lo menos un estimado de 250 mil alumnos en los cinco grados de primaria. De esa cantidad un alto porcentaje terminó el bachillerato y carreras de pregrado y postgrado con destacado desempeño profesional que los posicionaron en el mercado laboral e institucional. El mayor activo del talento humano local, provincial, del Magdalena grande, regional, nacional y de Venezuela se capacitó en sus aulas.
Para sus bodas de oro (1945) ya se había consolidado como el primer centro educativo del Caribe colombiano. Sus exalumnos fueron los que posicionaron al municipio de Villanueva como un polo supra departamental de desarrollo cultural, socioeconómico y político-administrativo muy por arriba de Valledupar, en alternancia con Riohacha y en referencia permanente con Santa Marta y Maracaibo.
Fueron prácticamente cuatro generaciones las que se formaron en el colegio Santo Tomás a lo largo del siglo XX con un modelo pedagógico híbrido espartano ateniense que incorporaba la tradición latina humanista y con influencias de la escuela alemana pero siempre en la dirección de una educación integral en el marco de una rígida disciplina escolar.
El modelo pedagógico del colegio Santo Tomás combinaba la teoría conductista de premio y castigo.
Como no recordar los estímulos de la distinción semanal de aparecer en la ‘Legión de Honor’ (Rojo y azul) con los promedios minuciosamente calculado de las notas obtenido día por día de las calificaciones derivadas de las quince asignaturas que se cursaban semanal, semestral y anualmente. Los exámenes finales con tesis, jurado y asistencia de padres de familia y acudientes así como la premiación (se entregaban libros de literatura universal) al final de año lectivo. La promoción de los talentos artísticos de los alumnos para la música con el manual ‘Solfeo de los solfeos’ en clave de sol en compás de cuatro tiempos; preceptiva literaria, teatro, entre otros.
Pero no olvidamos los castigos para sancionar las faltas y corregir comportamientos de los alumnos que no se ajustaban a las reglas establecidas por el colegio: las “dejadas” después de cinco de la tarde en el aula hasta que el educando no se aprendieras los versos pareados, tercetos, sonetos. Las quinientas o mil “planas” (Debo respetar a mis compañeros) para fijar comportamientos individuales. El número de “reglazos” o el cuero torcido como último recursos para aconductar.
De todas formas, el colegio Santo Tomás fue un espacio comunitario en donde siempre nos nivelábamos socialmente en condiciones de igualdad y equidad a pesar de ser una institución educativa de iniciativa particular. La estratificación no era por apellidos, por patrimonio, por clase social, por aparente prestigio o por influencias familiares. Era por estricto rendimiento académico. Era por capacidades ganadas. El primer puesto (la cabeza) de las seis filas y último puesto (la cola) de un curso como quinto de primaria se definía todos los sábados por los promedios obtenidos en las quince asignaturas por la totalidad de los estudiantes inscritos en ese grado escolar en un proceso transparente del profesor Rafael Antonia Amaya y los estudiantes.
¿Qué pudiéramos decir hoy del anterior sistema de aseguramiento de calidad de la educación implementado por el fundador del colegio Santo Tomás si lo comparamos con todos los proyectos fallidos agenciados por el Ministerio de Educación Nacional, las instituciones y entidades territoriales de la Guajira, el Cesar y el Caribe?