El 29 de noviembre de 1989, la Asamblea de El Molino aprobó en tercer y último debate la ordenanza número 015, por medio de la cual se creaba el municipio, y fue sancionada por el gobernador de ese entonces Luis Felipe Ovalle Isaza el 1 de diciembre, dando así vida jurídica al nuevo ente territorial de La Guajira.
El primer alcalde del municipio fue José Atanasio Escobar Aponte, siendo el único alcalde nombrado por decreto y reemplazado por uno de los artífices de la creación de El Molino: Arnoldo Aponte Urbina, en cumplimiento de la Ley que permite la elección popular de alcaldes.
El Molino no tuvo propiamente una fundación solemne que conste en acta oficial, ya que era territorio ancestral de los indios Cariachiles, por tal circunstancia no existe consenso de una fecha exacta de su fundación, se cree que pudo ocurrir entre 1609 y 1611, por parte del encomendero real español, Pedro Beltrán Valdés.
La localidad hizo parte de la provincia de Santa Marta, luego corregimiento de Villanueva, y después por iniciativa y mediante gestión de un puñado de profesionales y gracias a la ayuda de Cayetano Marsiglia Salas, senador por el departamento de Córdoba y de Carlos Arias Mejía, quienes brindaron todo el apoyo logístico en Bogotá, se erigió como municipio el 1 de diciembre de 1989.
Un gran número de personas optaron por atender la iniciativa de Arnoldo Aponte Urbina de buscar la creación del municipio de El Molino, localizado en la parte sur del departamento de La Guajira, sobre las llanuras centrales, entre la Serranía del Perijá y la Sierra Nevada de Santa Marta.
En el mes de enero de 1989 se dieron a la tarea de realizar y ejecutar todos los trámites que llevaron a que se cumplieran el pasado 1 de diciembre los 30 años de creación de este municipio.
Esta localidad ha sido administrada hasta el momento por nueve alcaldes elegidos por voto popular: Arnoldo Aponte Urbina, Hermes Oñate Fragozo, Jorge Juan Zabaleta Jiménez, Fernando Augusto Vence Zabaleta, Yesid Mantilla Zabaleta, Milena Zabaleta Montero, Luis Alfredo Escobar Rodríguez, José Fernando Zabaleta López y María Isabel Zabaleta Quintero.
A partir del 1 de enero del 2020 entrará el nuevo alcalde electo Juan Pablo Vega Escobar. Como una particularidad generalizada, a excepción de Aponte Urbina todos los alcaldes de este municipio están relacionados con una de las familias más tradicionales los Zabaleta.
El Molino inició su vida fiscal con un presupuesto inferior al millón de pesos, hoy está aforado en la suma de más de once millones de pesos.
La localidad cuenta con una red de vías pavimentadas en un 99 por ciento, las viviendas en su gran mayoría están construidas en material y varias son de dos plantas, hay un moderno edificio de cuatro pisos, siendo el más alto de la población.
En materia de educación, existen dos instituciones de carácter oficial que brindan estudios desde pre-kínder hasta culminar el bachillerato, ellas son: Instituto Vocacional Agrícola Ismael Rodríguez Fuentes y Heliodoro Alfredo Montero Duarte. A nivel privado en básica secundaria funcionan los colegios San Juan Bosco, Peninsular y El Rosario, con un muy alto nivel académico.
La Ermita de San Lucas, de estilo colonial, es el punto de referencia turístico, y el 29 de abril se celebran las fiestas patronales en honor de la Virgen del Rosario, patrona del municipio.
Cabe indicar que desde el pasado viernes se realizaron diferentes actos para la conmemoración de los 30 años de creación del municipio, donde contaron con la presentación teatral de los hermanos Salinas Montero, el grupo de danzas Revolution, entre otros.